لطالما ارتبط اسم "ثكنة عنتر" بانتهاكات حقوق الإنسان، حيث اتهمها عديد من المنظمات الحقوقية المحلية والدولية بالتورط في عمليات اعتقال تعسفي وتعذيب للمحتجزين السياسيين لا سيما الصحفيين والإعلاميين.